埃里希.宝隆（Erich Paulun）同济医学院创始人。 1862年3月4日出生于德国布伦瑞克 (Brauschweig) 附近的舍彭施德特 (Schoppenstedt) 。曾在基尔的海军学校学军医。毕业后当军舰舰医。 1891 年，随舰来到上海。当时上海流行霍乱、伤寒、疟疾等病，且缺医少药。他便离开海军，先回德国进修医学。2年后他再次来到上海时，已具有较高的外科手术水平，成为当时中国最早施用手术治疗癌症的医生之一。 1909年，因病于3月5日在上海逝世。
1900年，宝隆在上海张家浜新马路（现上海凤阳路）创办的“同济医院”正式挂牌成立。但因医疗力量不足，医院的正常营业受到了很大影响，因此，宝隆决定在院内设立一所德文医学堂，招收中国学生，以培养施诊医生。该计划得到了德国驻泸总领事馆及德国高等教育司的赞同。
医学堂建立时定名为上海德文医学堂，成立了董事会。董事会由18人组成。宝隆被推选为董事会总监督（董事长）兼学堂首任总理（校长），全面负责学堂工作。校址设在同济医院对面的白克路（今上海凤阳路）。 1907 年 10 月1日 医学堂举行了开学典礼。
1908 年，“ 德文医学堂 ”改名为 “同济德文医学堂 ”（ “ 同济 ” 寓意德国人与中国人同舟共济）。“ 同济 ” 二字从德文 “Deutsch”谐音而来。
1909 年，宝隆博士因病于3月5日 在上海逝世。上海德医公会元老福沙伯博士接任同济德文医学堂总监督兼总理。
1912 年，同济德文医学堂增设工科，更名为 “ 同济医工学堂 ” ，设医、工和德文三科。由校董事会筹措办学经费，由福沙伯全面领导学堂事务。当年，医正科三级学生张近枢、何理中、江逢治3人，按照德国大学医科考试规则参加学堂的第一次毕业考试，均顺利通过，如期毕业。他们是同济医工学堂的第一届毕业生。
1917 年第一次世界大战进入尾声，2月国宣布与德国断交，不久对德宣战。3月 17 日，上海法租界当局以同济医工学堂是德国的产业，为防止德国人利用该校机械制造武器为由，当众宣布解散学校，并限令师生当日离校。为此，社会各界联名致电南京国民政府教育部，请设法对同济学生作善后安排。教育部马上派人商议，把学校迁到吴淞镇，继续开学上课。4月 23 日，教育部下令学堂改属华人私立学校，由华人董事会办学，直属教育部领导。同年 12 月，更名为私ink=1" class="new">立同济医工专门学校。 1922 年学校迁往吴淞镇。
1924 年5月 20 日，经南京国民政府教育部批准，改名为同济医工大学（因此，5月 20 日定为校庆日）。1927 年8月，由南京国民政府教育部接管，命名为国立同济大学，原医、工两科分别更名为医学院、工学院。1937 年又先后增设了文、理、法等学院，从而成为了一所学科的综合大学。
1937 年， “ 七 . 七 ” 事变，抗日战争爆发。8月份，日本飞机接连轰炸吴淞地区，同济校舍遭到严重破坏。广大师生团结合作，同舟共济，由沪西迁，历经艰辛，辗转跋涉千里，于 1940 年 10 月到达四川省宜宾县和南溪县。师生齐心协力，在危难艰苦之中，克服重重困难，坚持进行教学、医疗和科研工作。当迁校至江西赣州时，医学院德籍院长柏德辞职，由皮肤科专家宁誉任院长，他是第一位任同济大学医学院院长的中国人。抗日战争胜利后， 1946年7月，同济大学医学院迁回上海。 1949 年5月，上海解放。同济大学校务委员会成立，唐哲任校务委员会常委兼医学院院长。
1950 年2月，中央人民政府政务院决定，上海同济大学医学院及其附属同济医院内迁武汉，与武汉大学医学院合并，命名为 “ 中南同济医学院 ”，由中南军政委员会卫生部主管。 1955 年3月，同济医院从沪迁汉，完成后期部分的迁院工作。 1955 年6月，ink=1" class="new">汉口协和医院划归中南同济医学院作为附属医院，标志同济迁校建校任务完成。
1955 年8月，中南同济医学院更名为武汉医学院。唐哲任武汉医学院院长。同年，山东医学院卫生系学生及部分教师调整来汉与该院公共卫生学馆师生合并，建立了卫生系。 1956 年学院开始招收研究生。1962年，经卫生部批准，武汉医学院在全国医学院校中第一批改为六年制。同年，在医学系增设了德语医学班，并在部分年级开设了德语普通班。
从 1966 年开始，“ 文化大革命 ”十年动乱，学校连续5年未招收学生。 1971 年，开始招收工农兵学员。 1972 年增设药学系。1978 年，学校在卫生系基础上增设环境医学专业。从此，全院各学科恢复招收研究生。 1980 年，医学系恢复德语医学班，学制为六年。 1981 年 11 月，经国务院学位委员会批准，学校为首批博士、硕士和学士学位授予单位。 1982 年建立卫生管理干部培训中心，并开设三年制卫生管理专修课。 1984 年，吴在德任武汉医学院院长，裘法祖任名誉院长。
1985 年7月，武汉医学院改名为同济医科大学。从 1985 年起，在学生中试行学分制和学年制相结合的新制度。1986年，正式成立法医系。 1987 年2月，在马列主义教研室的基础上，成立了社会科学部。同年实行校长负责制。 1988 年创办七年制临床医学专业。1989年，临床医学专业开始招收留学生，同年，恢复党委领导下的校长负责制。1991年成立妇幼卫生系。批准建立基础医学博士后科研流动站。1992年10月，“ 中国医学科学院武汉分院 ” 挂牌学校。 1993 年 ,“ 中国预防医学科学院武汉分院 ” 挂牌学校。同年成立预防医学系、环境医学系、卫生管理系、教育技术中心。 1994年11月，批准建立临床医学和公共卫生与预防医学博士后科研流动站。 1997 年，学校全面实行学分制。 2000年，新增生物一级学科博士后科研流动站。
2000年5月26日，同济医科大学与华中理工大学、武汉城市建设学院合并，共同组建华中科技大学，直属教育部。实行 4 部一省共建的办学体制
2000 年6月15日中共华中科技大学委员会决定，成立华中科技大学同济医学院，建立华中科技大学同济医学院委员会。华中科技大学同济医学院实行党委领导下院长负责制。
8月，院机关进行机构调整和人员竞争上岗。处级机构从21个精简到14 个，机关干部实行教育职员制，人员从 260人精简到128人。 2001 年，院系机构进行调整，全院设立10个院系级单位。